|
|
Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie
Radakovič, Lukáš ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem a implementací aplikace, která má za úkol ověřit správnost algoritmu sloužícího na analýzu použitých mechanismů při tvorbě fylogenetického stromu. Aplikace umožňuje uživatelům zadat různé parametry fylogenetického stromu, jeho následné vytvoření a analýzu pomocí algoritmu. Výsledky analýzy se uloží do výstupního souboru, přičemž uživatel má možnost nastavit cestu. Zkoumaný algoritmus správně odhaduje podíl mechanismů na tvorbě stromu. Při odhadu relativního a absolutního podílu na změně počtu chromozomů a velikosti genomu nedosahuje přesné výsledky.
|
|
|
Molekulární aspekty kvality oocytů a embryí
Chyská, Anna ; Vaškovičová, Michaela (vedoucí práce) ; Jansová, Denisa (oponent)
V České republice se podle statistik s neplodností setkává až 20 % párů a toto procento stále stoupá. Jednou z možností léčby neplodnosti je podstoupení některé z metod asistované reprodukce. Mezi nejčastější používané metody patří tzv. mimotělní oplodnění (in vitro fertilizace, IVF). Za účelem zvýšení pravděpodobnosti úspěšného oplodnění je preferováno disponovat kvalitním oocytem se specifickými vlastnostmi. Takový oocyt je pak předpokladem pro kvalitní embryo, správný průběh těhotenství a správný vývoj plodu. Meiózu, která je klíčovým krokem při tvorbě oocytů, regulují složité signální dráhy. Pokud jsou tyto dráhy nefunkční, snižuje se šance oocytu vyvinout se v kompetentní embryo. Například chyby v segregaci během meiózy vedou k aneuploidii, která je hlavní příčinou potratů a vrozených vad. Pochopení signálních drah může pomoci určit původ chyb, které mají za následek vznik aneuploidií, a tím přispět ke zlepšení reprodukčního zdraví žen. Klíčová slova: aneuploidie, dělící vřeténko, in vitro fertilizace, kontrolní bod sestavení dělícího vřeténka, kvalita oocytů, segregace chromozomů
|
|
|
Optimalizace digitální polymerázové řetězové reakce pro aplikaci v neinvazivní prenatální diagnostice
Šenkyřík, Pavel ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent)
Digitální PCR (Polymerase Chain Reaction) je metoda umožňující absolutní kvantifikaci sekvencí DNA a proto nachází uplatnění v mnoha diagnostických disciplínách. Zaměřili jsme se na diagnostiku trisomie 21. chromosomu, která se projevuje jako Downův syndrom. Informace o genomu plodu lze získat z volné fetální DNA, která se během těhotenství uvolňuje do krevního řečiště matky z placenty. V prvním trimestru fetální DNA tvoří přibližně 5-10 % volné DNA a je tudíž vhodným cílem pro neinvazivní prenatální testování (NIPT). Potřebujeme však techniku, která je schopna rozlišit tuto relativně malou frakci volné fetální DNA a odlišit ji od volné DNA matky. Právě digitální PCR poskytuje díky širokým možnostem multiplexování různé způsoby, jak tohoto cíle dosáhnout. Zaměřili jsme se na optimalizaci multiplex reakce, která v jednom fluorescenčním kanále rozlišuje počet kopií referenčního chromosomu 18 a sledovaného chromosomu 21. Výsledné stanovení tohoto poměru nám poskytuje informaci ohledně rovnováhy mezi chromosomy a může nám tak potvrdit či vyvrátit přítomnost trisomické fetální frakce. Využitelnost navržené metody pro klinickou aplikaci jsme testovali vyšetřením vzorků DNA izolovaných z 25 vzorků plazmy těhotných se zdravými plody a z 15 vzorků plazem od těhotných s plody postiženými Downovým syndromem....
|
|
|
Molekulárně genetické přístupy užívané pro preimplantační genetickou analýzu lidských embryí v asistované reprodukci
Limbergová, Jana ; Machoň, Ondřej (vedoucí práce) ; Šimoník, Ondřej (oponent)
Preimplantační genetické testování je jednou z hlavních klinických procedur, které probíhají v centrech asistované reprodukce na celém světě. Vyhledávají ho páry z mnoha různých důvodů. Příčiny problémů párů se mohou týkat dědičných chorob, které budoucí rodiče nechtějí přenést na potomky, či mohu zahrnovat riziko přenosu chromozomálních přestaveb. Dále se může jednat o neplodnost způsobenou zvýšeným rizikem aneuploidie embryí, která koreluje s vyšším věkem pacientky a dalšími faktory, které tato bakalářská práce diskutuje. Tato bakalářská práce se dále soustřeďuje na přístupy cytogenetických vyšetřeních pro reprodukční genetiku a diskutuje moderní klinické molekulární metody užívané ke zlepšení diagnostiky a terapie neplodných párů. To jsou například microarray metody, kvantitativní real-time PCR či sekvenování nové generace a způsoby celogenomové amplifikace. Dále práce zmiňuje metody, od kterých se postupně opouští, např. fluorescenční in situ hybridizaci a porovnává jejich výhody a nevýhody. Klíčová slova: preimplantační genetické testování, aneuploidie, strukturální přestavby, monogenní choroby, biopsie, fluorescenční in situ hybridizace, microarray metody, komparativní genomová hybridizace, kvantitativní PCR, sekvenování nové generace, karyomapping
|
|
|
Molekulárně genetická charakterizace vzácných nádorů urogenitálního traktu.
Šteiner, Petr ; Vaněček, Tomáš (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Předmětem této práce byly molekulárně genetické charakteristiky čtyř typů nádorů ledvin (papilární renální karcinomy [PRK], tubulocystické renální karcinomy [TRK], pseudorozetový renální karcinom [PRRK] a neklasifikovatelné renální karcinomy [NRK]) a dvou typů nádorů testes (testikulární adultní typ nádoru buněk z granulózy [ATGCT] a inkompletně diferenciované "sex cord" gonadální stromální tumory [ISCST]). V případě TRK byla studována aktivita signálních drah účastnících se angiogeneze s cílem posoudit vhodnost použití antiangiogenních terapeutik k léčbě TRK. Exprese klíčových genů těchto drah byla analyzována na úrovni mRNA pomocí Real-Time RT PCR. U TRK a PRK byl studován metylační profil 24 tumor supresorových genů s cílem posoudit příbuznost těchto nádorů. Případně nalezené rozdíly by bylo možno použít v diferenciální diagnostice. U PRRK a NRK byly detekovány chromozomální aberace pomocí array-CGH s cílem nalézt specifické aberace využitelné opět v diferenciální diagnostice. Dále byla ověřována specifita mutace genu FOXL2 c.402C>G pro ovariální ATGCT studiem výskytu této mutace u testikulárních ATGCT a ISCST. Naměřené hladiny mRNA u TRK ukazují, že u žádné ze zkoumaných signálních drah nebyla zvýšená aktivita. Klastrová analýza ukázala podobnost metylačních profilů TRK a PRK. Pomocí array-CGH byly u...
|
|
|
Analýza chromozomových aberací u spermií metodou FISH
Bendová, Petra ; Diblík, Jan (vedoucí práce) ; Novotná, Drahuše (oponent)
Předkládaná bakalářská práce je zaměřena na stanovení frekvencí chromozomálně abnormálních spermií v ejakulátu zdravých mužů (dárců) s normálním karyotypem (46,XY). Významným dějem, který hraje nezastupitelnou roli při vzniku numerických aberací chromozomů či v segregaci strukturních abnormalit do gamet je meióza. Proto jí věnuji pozornost v teoretické části práce. Teoretická část je dále zaměřena na proces předcházející vzniku zralé spermie (spermatogeneze) a důsledkům oplození oocytu aneuploidní spermií. Předkládám proto přehled numerických abnormalit u autozomů či gonozomů s jejich frekvencí a distribucí do gamet zdravých mužů. Zaměřila jsem se i na rozdělení a stručný popis strukturních aberací postihujících chromozomy a v neposlední řadě věnuji pozornost metodě vícebarevné interfázní fluorescenční in situ hybridizaci, která se v kombinaci s dekondenzací chromatinu spermií stala nezastupitelným a hodnotným výzkumným nástrojem při rychlé analýze chromozomálních abnormalit ve velkých vzorcích spermií. Experimentální část bakalářské práce se zabývá sledováním frekvence vybraných numerických abnormalit ve vzorcích spermií 5 dárců ve věkovém rozmezí 23 - 30 let s využitím I-FISH (interfázní fluorescenční in situ hybridizace) se satelitními sondami pro autozom 18 a gonozomy X a Y. Četnost aberací autozomu 18...
|
|
|
Karyotypy Giardia intestinalis
Hudosová, Lenka ; Nohýnková, Eva (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Giardia intestinalis je parazitický prvok způsobující jedno z nejrozšířenějších průjmových onemocnění parazitárního původu. Buňka giardií obsahuje dvě jádra, u kterých donedávna nebyl znám počet chromozomů. Použitím klasické cytogenetické metody byl karyotyp určen před pěti lety Tůmovou a kol. V mé práci byl pomocí této metody, určen karyotyp čtyř izolátů, šesti linií a tří klonálních populací. Bylo potvrzeno, že jádra jedné buňky mohou být aneuploidní a mohou se navzájem v počtu chromozomů lišit. Mezi jádry byl zjištěn rozdíl v počtu o 1, 2 a 6 chromozomů. Pokud byl v obou jádrech jedné buňky zjištěn stejný počet chromozomů, každé jádro obsahovalo 10 chromozomů. Bylo také zjištěno, že asambláže (v této práci A a E) není možné charakterizovat pomocí karyotypu. Karyotypy se mohou lišit i mezi liniemi a klonálními populacemi odvozených od stejného izolátu. U tří kultur byla zjištěna změna karyotypu během kultivace in vitro. Výsledky práce jsou diskutovány ve vztahu k výsledkům dosud publikovaných prací.
|
|
|
Zvýšení diagnostické efektivity QF-PCR pro vyšetření aneuploidií z plodové vody
Sedláková, Zdeňka ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Kvantitativní fluorescenční polymerázová řetězová reakce (QF-PCR) je molekulárně genetická metoda založená na amplifikaci krátkých tandemových repetic (Short tandem repeats, STR) a měření výšek píků amplikonů na elektroforeogramu. V současné době je QF-PCR považována za spolehlivou, rychlou a levnou metodu nahrazující postupně běžné cytogenetické analýzy aneuploidií (vyšetření z dlouhodobých kultur buněk plodové vody). Přesto však v některých případech nelze pomocí QF-PCR určit parentální a meiotický původ aneuploidií. Cílem mé práce bylo ověřit nové dinukleotidové STR markery na chromozomech 13, 16, 18, 21 a 22. Dále zvýšit diagnostickou efektivitu QF-PCR zapojením dalších tetranukleotidových STR markerů na chromozomech 15, 16, 22 a zjistit populační a analytické charakteristiky těchto markerů. U všech dinukleotidových STR markerů se vyskytovaly ve větší míře stuttery, a proto nejsou vhodné pro účely rutinní diagnostiky. STR markery pro chromozomy 15, 16 a 22 byly ověřeny na 100 pacientech. Byly vybrány čtyři informativní markery pro chromozom 16, čtyři pro chromozom 22 a tři pro chromozom 15. V diplomové práci jsem tak rozšířila spektrum diagnostických STR markerů.
|
|
|
Vývoj molekulárně genetických přístupů při asistované reprodukci
Limbergová, Jana ; Machoň, Ondřej (vedoucí práce) ; Šimoník, Ondřej (oponent)
Preimplantační genetické testování je jednou z hlavních klinických procedur, které probíhají v centrech asistované reprodukce na celém světě. Vyhledávají ho páry z mnoha různých důvodů. Příčiny příchodu páru se mohou týkat dědičných chorob, které budoucí rodiče nechtějí přenést na potomky, či mohu zahrnovat riziko přenosu chromozomálních přestaveb. Dále se může jednat o neplodnost způsobenou zvýšeným rizikem aneuploidie embryí, která koreluje s vyšším věkem pacientky a dalšími faktory. Práce se tedy soustřeďuje na nové přístupy u cytogenetických vyšetřeních pro reprodukční genetiku. Dále diskutuje klinické metody používané ke zlepšení diagnostiky a terapie neplodných párů, a také metody experimentální, které by mohly do budoucna být základem nových diagnostických postupů. To jsou například metody single nukleotidových polymorfismů, array čipové metody či sekvenování nové generace a celogenomové amplifikace. Ohlíží se po metodách, od kterých se postupně odpouští, jako například fluorescentní in situ hybridizace a porovnává jejich výhody a nevýhody. Klíčová slova: preimplantační genetické testování, aneuploidie, strukturální přestavby, monogenní choroby, biopsie
|
|
|
Korelace morfokinetických parametrů s chromozomální výbavou lidských preimplantačních embryí
Kosařová, Zuzana ; Jelínková, Ladislava (vedoucí práce) ; Knytl, Martin (oponent)
Značná část lidských preimplantačních embryí je aneuploidní. Preimplantační genetické testování aneuploidií (PGT-A) umožňuje vyšetřit počet chromozomů v několika buňkách trofektodermu odebraných z vyvíjejících se embryí a pro transfer jsou pak doporučena pouze embrya euploidní. Biopsie buněk trofektodermu je invazivní metoda, vyšetření je nákladné a není prováděno u všech pacientek. Proto jsou hledány neinvazivní metody určení nejkvalitnějších embryí. Kontinuální monitoring v time-lapse systému umožňuje sledovat morfokinetické parametry embryonálního vývoje a díky tomuto neinvazivnímu přístupu jsou vybrána nejlépe se vyvíjející embrya s dobrou prognózou pro úspěšnou implantaci. Stále je zde ale otázka, zda a jak spolu morfokinetické parametry a ploidie embrya korelují. Z většiny studií na toto téma vyplývá, že k výběru nejkvalitnějšího embrya je ideální kombinace obou těchto přístupů.
|
host ::
RSS.